親和層析是一種通過分子間的特異性識別和相互作用來分離純化物質(zhì)的層析方法。如酶與底物、抗原和抗體之間專一的相互作用等。將其一作為配基固定在填料上，就可以從初始樣品中吸附相應(yīng)的生物分子，然后通過合適的洗脫將其解離達到純化的目的。
離子交換層析是基于蛋白質(zhì)和離子交換層析介質(zhì)之間的電荷相互作用進行分離。離子交換層析介質(zhì)通常帶有正或負電荷，吸附帶有相反電荷的蛋白質(zhì)。通過調(diào)整緩沖液的離子濃度或pH值，可以改變蛋白質(zhì)與介質(zhì)的結(jié)合強度，實現(xiàn)不同蛋白質(zhì)的分離。
疏水層析（HIC）是一種液相吸附層析，它是依據(jù)生物分子之間的疏水性的差別來進行分離的。固定相由非極性物質(zhì)(如烴類、苯基等)組成的層析，非極性分子間或分子的非極性基團間具有吸引力，不同分子的非極性基團與固定相的非極性物質(zhì)結(jié)合的強弱不同，從而達到分離。該方法多用于蛋白質(zhì)的分析和分離。
凝膠過濾層析是依據(jù)生物分子體積大小差異來實現(xiàn)分離的層析方法，也稱為分子篩層析及體積排阻層析。凝膠過濾介質(zhì)是一類具有不同孔徑大小分布的三維網(wǎng)孔結(jié)構(gòu)球形介質(zhì)，不同體積大小的生物分子在流經(jīng)凝膠過濾層析介質(zhì)時，因介質(zhì)孔徑大小與分布不同，使不同大小的生物分子產(chǎn)生不同的柱程與保留時間，從而實現(xiàn)對不同大小生物分子的分離。
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